При ликвидации плацдармов противника флоты осуществляли также защиту своих морских сообщений. Как правило, эта задача ставилась командующими фронтами по согласованию со Ставкой. В Новороссийско-Таманской операции выполнение ее играло важнейшую роль в подготовке удара по Новороссийску с Малой земли, в Керченско-Эльтигенской - в удержании плацдарма севернее Керчи, а в Крымской - в наступлении Отдельной Приморской армии на Севастополь. В Красносельско-Роппганской операции надежное обеспечение перевозок через Невскую губу сделало возможным маневр войск 2-й ударной армии для нанесения удара с ораниенбаумского плацдарма, а в Петсамо-Киркенесской - снабжение наступающих войск 14-й армии сначала через Кольский залив, затем через освобожденный порт Линахамари.
Эта задача решалась либо в форме операции по обороне морских сообщений, либо в форме систематической боевой деятельности. Оперативное взаимодействие флота и фронта в этом случае достигалось согласованием перевозок по направлениям, срокам, интенсивности и способам в соответствии с потребностями войск на различных этапах фронтовой операции. Взаимодействие с войсками армии организовывалось согласованием порядка погрузки и разгрузки войск, техники и запасов материальных средств. Все это делалось штабами фронта и армии совместно со штабом флота и штабами военно-морских баз и оборонительных районов. Командующий и штаб флота организовывали оперативное взаимодействие сил при решении задач прикрытия перевозок с моря и воздуха военно-морскими силами и авиацией фронта, а также при обороне районов морских коммуникаций силами военно-морских баз и сухопутными войсками. При этом определялись зоны ответственности по защите районов, порядок смены сил охранения конвоев, нанесения ударов по базам и противодействующим силам противника, а также меры маскировки и дезинформации.
